課程設置可以體現出一個學院的培養方案是否合理。為滿足社會經濟發展需求，清華大學企業家總裁班課程強調整合性和決策導向，強調密切聯系實際和面向國際競爭環境。清華大學企業家總裁班課程設置的基本原則是在遵循企業家總裁班培養的一般規律并保持區域特色的基礎上，充分結合本土企業的管理實踐，力求體現本校優勢學科特色。本校企業家總裁班課程分為必修課和選修課兩個模塊。

必修課包括：社會主義經濟理論與實踐、商務英語與溝通。

核心課包括：會計學(或財務報表分析)、公司財務管理、戰略管理、管理經濟學、組織行為學、企業社會責任與商業倫理、數據模型與決策、營銷管理、人力資源管理、領導學等，此部分課程至少修6門。

選修課主要有：項目管理、運營管理、技術創新管理、創新與變革管理、知識管理、危機管理、風險管理、項企業研究方法、管理溝通與談判、商業倫理、目投資與融資決策、商法、國際金融、企業政策、公司治理、商業模式等。

以上所有課程至少要選擇16項，且課內總學時不得少于500學時，學員可根據自身需求及社會、經濟發展適當調整選修課程。另外需要注意的是，要想獲得進行論文開題論證的資格，至少要修滿20學分。